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 以成為神奇寶貝大師為目標，小智（松本梨香 配音）、小剛（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）帶著各自的神奇寶貝在世界各地進行艱苦的修業之旅，今天他們歷經長途跋涉終于來到了風景秀美的米琪亞鎮。在當地一對小兄妹的介紹下，小智一行前往神殿遺址游玩。誰知卻遭遇了極其危險的情況。關鍵時刻，掌管時間的迪亞魯加和守衛神殿的西娜（北乃きい 配音）、凱賓（岸祐二 配音）幫助了他們，能與神奇寶貝心靈溝通的西娜還熄滅了冥王龍的怒火。從西娜口中得知，創造了世界的神奇寶貝即將蘇醒，它不僅會使時空扭曲錯亂，還將為世界帶來毀滅性的災難…… 本片為神奇寶貝系列第十二部電影劇場版。

　　經歷了最可怕的一段過去，可奈（大島優子 飾）已經精神接近崩潰，殘酷命運的安排，讓她最終也無法逃脫半身死靈“嗒卡嗒卡”的獵殺。路過事故現場的水谷菜月和中島玲子是就讀同一所高中同一班級的好友，她們的學校即將舉行文化祭。擔任文化祭委員的玲子無意中觸怒了班內小集團的頭頭刀根繪梨香，由此遭受了無休無止的孤立和欺凌。菜月看在眼里，卻不敢組織，只能隨波逐流。終于有一天，再也無法忍受的玲子將希望寄托在半身死靈身上，她將與繪梨香親近的同學相繼騙到人行天橋，目睹她們被獵殺的殘忍一幕。　　菜月終于發現了好友的秘密，她嘗試阻止，并且了解到半身死靈的背景和不為人知的過去，可是為時已晚……

　　律師艾琳（勞拉·琳妮 Laura Linney 飾）接到一樁官司。一名神父由于用宗教手段——驅魔儀式來治療女孩艾米莉的重病，因而使得艾米莉耽誤了正確的藥物治療時間。法庭上，一場宗教與科學之爭展開了。　　事件的開端，源于19歲女大學生艾米莉（珍妮弗·卡彭特Jennifer Carpenter飾）的恐怖遭遇。她在大學宿舍睡覺時，感覺有靈異惡魔來侵，接下來更為驚悚的事情陸續發生。艾米莉一反常態，她變得雙眼發黑，行為怪異，整日活在猶豫惡魔纏身的夢魘中，艾米莉無法控制自己的意志，痛苦得生不如死。家人為她找來精神病醫生，卻毫無起色。無奈下，請來神父（湯姆·威爾金森 Tom Wilkinson 飾）一探究竟，才得知艾米莉被遠古六惡魔上了身。萬魔纏身的她，只有通過宗教儀式進行驅魔，才有可能逃出生天。　　神父的驅魔并沒有挽救艾米莉，還引來了控告。無神論者卻認為，惡魔纏身是無稽之談。

　　20世紀50、60年代，亨利·韋斯特博士（威廉·麥鮑瑟 William Mapother 飾）創建了靈學實驗室阿提克斯研究所，針對超能力、透視、讀心術、隔空取物等邊緣學科展開研究。雖然遭遇了無數的挫折與嘲笑，但是韋斯特博士仍堅持不懈朝著目標前進。1975年，他的實驗室因某起騙局而被迫關閉，就在此時一個略顯神經質的女人朱迪思·溫斯黛德（萊亞·吉斯特德 Rya Kihlstedt 飾）被送到實驗室。她之前因傷而擁有了超能力，而其看似貨真價實的超能力迅速令見多識廣的科學家們大為折服。在這一過程中，朱迪思的能力不斷加強，甚至已經到了失控的程度。　　這已遠遠超出了超能力的范疇，謎團背后惡魔的身影時隱時現……